Embora ainda há muito debate em torno dos OGMs, se poderão ser prejudiciais a longo prazo não só para a saúde humana como para o ambiente, os transgênicos são considerados seguros dentro da comunidade científica.
As preocupações mais comuns são relacionadas às mudanças indesejadas na composição nutricional, alergenicidade e toxicidade. Porém, é importante dizer que existe uma legislação nacional (a Lei de Biossegurança 11.105 de 2005) que exige que qualquer OGM, antes de ser liberado para comercialização no país, seja avaliado pela Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio).
No Brasil, as plantas que dão origem aos alimentos transgênicos são a soja, o milho, o algodão, algumas variedades de cana-de-açúcar, e no ano passado um feijão transgênico, (resistente ao mosaico-dourado, uma doença causada por um vírus transmitido pela mosca branca), desenvolvido pela Embrapa começou a ser cultivado.
Assim, a biotecnologia de sementes geneticamente modificadas proporciona aumento do rendimento das safras, nutrição ou tolerância à seca, logo, os OGMs resistentes a doenças seriam uma promessa à diminuição ou até mesmo dispensa do uso de agrotóxicos, porém, não é o que acontece na prática. 80% das safras de OGM são submetidas à bioengenharia apenas para resistência a agrotóxicos, permitindo que os agricultores pulverizem os campos com herbicidas que então matam as ervas daninhas enquanto deixa as culturas cultivadas em pé. Estudos demonstraram que a soja geneticamente modificada tenha resíduos de pesticidas significativamente mais elevados do que a soja orgânica ou convencional não transgênica.
Dessa maneira, a ameaça do genes inseridos nos alimentos geneticamente modificados pode vir mais dos agrotóxicos utilizados nos transgênicos do que pela biotecnologia por si.
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